En AUTOMAR participan investigadores de las siguientes instituciones:

• Universidad de A Coruña
• Universidad de Alicante
• Universidad de Cádiz
• Universidad de Cantabria
• Universidad Complutense de Madrid
• Universitat de Girona
• Universitat de les Illes Balears
• Universidad Miguel Hernández
• Universidad Nacional de Educación a Distancia
• Universidad del País Vasco
• Universitat Politécnica de Catalunya
• Universidad Politécnica de Cartagena
• Universidad Politécnica de Madrid
• Centro de Automática y Robótica - CSIC.
• Canal de Experiencias Hidrodinámicas del Pardo
• Centro Tecnológico Naval y del Mar
• Fundación Innovamar
• Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados – CSIC
• Sistema de Observación y Prospectiva Tecnológica. Subdirección General de Tecnología y Centros. Dirección General de Armamento y Material. Ministerio de Defensa.